老师您好！请问总公司和分公司独立核算、总公司代分公司支付材料款、供应商错将增值税专用发票开给了总公司、总公司并进行认证抵扣了、请问一下分公司怎么处理

有部分是和总公司签订的，有部分是和分公司签订的

你好  那就 分别开票 ； 如果是分公司业务 ；   让供应重新开票 给分公司。 总公司自己去 开红字信息表   供应商开红字发票红冲 在开分公司发票。 分公司做账：借原材料    贷其他应付款-总公司   

可不可以协调税务机关允许总公司将供应所开增值税专用发票，总公司已抵扣部分发票对应金额开票给分公司？

 你好     关键是这个材料 是谁买的 ； 是总公司的材料 那么就可以  ；     到时你们总公司  销售给分公司   就可以总公公司开票给分公司 ；     总公司就不用红冲了  

好的好的，谢谢